根据《农业农村部畜牧兽医局关于启用国家生猪运输车辆备案系统的通知》，2019年12月1日国家生猪运输车辆备案系统已上线运行，要求2020年6月底前完成车辆备案系统与动物检疫电子出证平台对接。
一、备案程序
（一）初次备案程序
1.信息填报。符合农业农村部第79号公告要求的生猪运输车车辆所有人或承运人通过微信小程序“牧运通”之“车辆管理”模块中完成车辆备案信息录入和资料上传。按照农业农村部第79号公告和《交通运输部办公厅关于取消总质量4.5吨及以下普通货运车辆道路运输证和驾驶员从业资格证的通知》（交办运函〔2018〕2052号）要求，生猪运输车辆所有人或承运人应将车辆所有人的身份证或营业执照、备案车辆的机动车行驶证拍照上传；核实最大运载量大于4.5吨的生猪运输车辆应填写备案申请人的道路运输许可证和车辆营运证并拍照上传。
2.现场审核。现场审核原则上应在车辆所有人或承运人所在县（市、区）办理。生猪运输车车辆所有人或承运人完成车辆信息填报后，按照《关于开展生猪运输车辆备案管理的通知》要求详细填写《生猪运输车辆备案登记表》并携带农业农村部第79号公告规定所需现场审核材料及复印件（此前已按要求进行备案的生猪运输车辆可不提供复印件，但应提供生猪运输车辆备案表原件、复印件以及生猪运输台账）到所在地县级动物卫生监督机构指定地方对生猪运输车辆进行现场核查。县级动物卫生监督机构应查验车辆所有人或承运人提交的有关材料，核实有关信息，留存复印件（此前已备案的可不留存），对于符合条件的车辆，通过中国兽医网云平台入口进入动物疫病防控与动物卫生监督云平台单点登录，用账号密码登录进入国家畜禽运输车辆备案系统予以审核通过。
3.备案出证。对于符合备案条件的生猪运输车辆，县级动物卫生监督机构审核通过后，打印《生猪运输车辆备案表》（含生成的二维码），并将《生猪运输车辆备案表》和相关材料交县级畜牧兽医主管部门确认。生猪运输车辆承运人向县级畜牧兽医主管部门提交《生猪运输车辆承运人质量安全承诺书》，县级畜牧兽医主管部门发放《生猪运输车辆备案表》。
（二）有效期满的备案程序
生猪运输车辆备案信息有效期一年，车辆所有人或承运人应当在车辆备案信息有效期满前一个月内提交备案申请，上传车辆及防疫设备照片，提交《生猪运输车辆承运人质量安全承诺书》、生猪运输台账，更换《生猪运输车辆备案表》，无需再进行车辆现场审核。
二、有关要求
生猪运输车辆备案需要由车辆所有人或承运人提出申请并在微信小程序“牧运通”完成信息填报，这与以前政策有所不同。同时，生猪运输车辆所有人或承运人应落实动物防疫主体责任，建立生猪运输台账，做好运输车辆清洗消毒工作。
2020年6月底前车辆备案系统将与动物检疫电子出证平台对接，届时没有在国家生猪运输车辆备案系统备案的生猪运输车辆将无法开具检疫证明。
从事运输生猪的车辆必须配备车辆定位跟踪系统，并与监管平台进行数据对接，未进行安装车辆定位跟踪系统并与监管平台有效对接的车辆承运生猪无法出具动物检疫合格证明。
对省内备案的生猪运输车辆有2次以上违法违规调运行为的，取消其备案资格；对外省备案车辆在我省发现有违法违规调运行为，将通报所在省生猪运输车辆备案管理部门。